مرت نشأة جامعة القدس المفتوحة بثلاث مراحل هي: مرحلة التخطيط، مرحلة إعداد المناهج والمقررات، ثم مرحلة الوجود الفعلي على أرض فلسطين.

المرحلة الأولى:مرحلة التخطيط
بدأ التفكير في إنشاء الجامعة عام 1975 إنطلاقا من احتياجات الشعب الفلسطيني للتعليم العالي في ظل ظروفه السكانية والاجتماعية والاقتصادية تحت الاحتلال الإسرائيلي وبطلب من منظمة التحرير الفلسطينية قامت منظمة اليونسكو بإعداد دراسة الجدوى لمشروع الجامعة والتي استكملت عام 1980 واقرها المؤتمر العام لليونسكو. وفي عام 1981 أقر المجلس الوطني الفلسطيني المشروع، الا ان ظروف الاجتياح الاسرائيلي للبنان حال دون المباشرة في تنفيذه حتى العام 1985 م.

المرحلة الثانية: مرحلة إعداد المناهج
بدأت في أواخر العام 1985 ، حين افتتح مقر مؤقت للجامعة في عمان بموافقة رسمية من وزارة الخارجية الأردنية، وقد تركز العمل خلال الفترة بين 1985-1991 على إعداد الخطط الدراسية والكليات واعتماد التخصصات العلمية فيها وإنتاج المواد التعليمية، وخاصة المطبوعة، الكتب الطلابية والوسائط التعليمية المساندة خاصة السمعية والبصرية. 

المرحلة الثالثة: مرحلة التنفيذ 
بدأت في عام 1991 ، حيث باشرت الجامعة خدماتها التعليمية في فلسطين متخذة من مدينة القدس الشريف مقرا رئيسا لها وأنشأت فروعاً ومراكز دراسية في المدن الفلسطينية الكبرى، ضمت في البداية المئات من الطلبة وبدأ العدد بالازدياد سنويا إلى أن أصبح حوالي 60,000 ألفا في العام 2008 م. وقد خرجت الجامعة الكوكبة الأولى من طلبتها عام 1997 . كانت هذه المرحلة في غاية الصعوبة، حيث شهدت منذ بداية ميلادها على أرض فلسطين تعاظم الانتفاضة الشعبية الفلسطينية التي تفجرت ضد الاحتلال الإسرائيلي في العام 1987 ، كما عانت من أثار حرب الخليج التي تسببت في حدوث أزمات مالية لها في أحلك الظروف السياسية والاجتماعية والاقتصادية للشعب العربي الفلسطينية. 
ومع ذلك، فقد استمرت مستمده عزيمتها من عزيمة قيادتها التاريخية المناضلة، في أداء رسالتها وتحقيق أهدافها لتبقى دائما مصباح نور في كل بيت، وكوكب معرفة يضئ أرجاء الوطن والأمة.